افرادی که ناراحتی ریوی و زخم معده و یا بعضی ناراحتی های گوارشی را دارند در خوردن زیاد آن مجاز نیستند. ضرر فلفل سیاه در ناراحتی های گوارشی به مراتب کمتر از فلفل سبز و قرمز می باشد.

دارای مضراتی همچون استفراغ (در صورت زیاده روی کردن)، نازایی، تلخی دهان، خونریزی داخلی، ضایعات پوستی، لاغری، سکسکه، سقط جنین، ابتلا نوزاد به اگزما در صورت زیاده روی کردن در مصرف آن در زنان باردار. مصرف فلفل در دوران بارداری ، سوزش معده را تشدید خواهد نمود.